Se presenta una clave para identificar las especies de cetáceos de la región del Pacífico Sureste (Colombia, Ecuador, Perú y Chile) en base al estudio de características craneales. Mediante la descripción de estructuras óseas, la clave permite la identificación de ejemplares a nivel de sub-orden, familia, género y especie, aún en especímenes incompletos. El objeto de este artículo es proporcionar herramientas de estudio al número cada vez mayor de investigadores de cetáceos en la región.