El estudio de bioindicadores (restos vegetales o animales) que permanecen en los sitios arqueológicos tras su ocupación son de gran utilidad para entender las condiciones de vida en el asentamiento, las actividades de sus ocupantes y describir las condiciones ecológicas del entorno al momento de la ocupación. Generalmente, los restos vegetales recuperados corresponden a maderas carbonizadas (restos antracológicos) o semillas y frutos carbonizados (restos carpológicos). Aunque el estudio de estos macrorestos vegetales ha sido ampliamente desarrollado en otros países, en Chile son escasos y relativamente recientes. Esta situación dificulta la elección e implementacion de la(s) metodología(s) de recuperación y además limita la interpretación y comparación de los resultados. Se evaluó la eficiencia de los métodos utilizados para la recuperación de restos antracológicos y carpológicos presentes en el alero "Marifilo l " (Lago Calafquén, 39º Lat. Sur), tales como el tamizado al agua in situ y flotación (fracciones liviana y pesada). y a su vez, la complementariedad de las imágenes antracológicas y carpológicas. Los resultados obtenidos sugieren que el aporte de los estudios efectuados por ambas disciplinas son complementarios, al igual que las técnicas de tamizado al agua in situ y flotación. Su aplicación conjunta permitió una recuperación exhaustiva de restos vegetales tanto en cantidad como en diversidad (número de especies o de laxa). Esta experiencia evidenció además el esfuerzo que implica realizar estudios antracológicos y carpológicos en el sur de Chile y la carencia de estudios tafonómicos en material vegetal, situaciones que limitan la interpretación y comparación de estos primeros resultados.