Se proporciona y comenta la información disponible relativa a las distintas investigaciones arqueológicas relacionadas con la ocupación Tawantinsuyu realizadas al interior y exterior de la Catedral Metropolitana. Se profundiza en los resultados obtenidos en las excavaciones de la Cripta de los Obispos (2005) y Patio Los Naranjos (2015) con especial referencia a los restos arquitectónicos y alfareros. El análisis de los diseños cerámicos indica un elevado porcentaje de motivos de origen cuzqueño, seguido por un menor porcentaje de diseños de origen Diaguita, estando completamente ausentes los diseños de origen local. Se postula que las estructuras más profundas corresponden a restos arquitectónicos de la ocupación Tawantinsuyu, conformando el denominado sustrato incaico de la Catedral Metropolitana. Las evidencias encontradas apoyan la hipótesis de que el lugar tuvo una alta significación religiosa y política Inca, previa a la ocupación europea.