Una nueva especie de cetáceo, Mesoplodon bahamondi, se describe en base a un cráneo colectado en la Isla Robinson Crusoe (33°37'S, 78°53'W), Archipiélago de Juan Fernández, Chile. Los caracteres craneales que diferencian a esta especie incluyen: 1) el arreglo y tamaño de los huesos en la parte ventral de la región antorbital, en particular el gran tamaño del yugal; 2) una amplia base rostral en relación al ancho cigomático; 3) la reducida distancia entre las foraminas del premaxilar. Se compara a M. bahamondi con sus congenericos, en particular con M. bowdoini, la especie más cercana morfológicamente. El estudio de caracteres craneales adicionales permite confirmar la separación específica de M. bahamondi y M. bowdoini. La sistemática del género Mesoplodon se ha basado tradicionalmente en la forma y disposición de los dientes en machos adultos. Sin embargo, el presente trabajo aporta evidencias de que caracteres craneales, como la forma y disposición de los huesos en la región antorbital, son útiles en la identificación de las especies del género. Se discute la posible relación entre esta nueva especie de zifido y los avistajes de una especie no identificada de Mesoplodon en el Pacifico oriental tropical.