Las 33 especies de lagartos agrupados en seis géneros de la II Región de Chile (Antofagasta) son revisadas taxonómicamente y se establece su patrón de distribución geográfica regional. Se reconocen tres ensambles de lagartijas que corresponden al de la costa oeste, al desierto interior y la precordillera y cordillera de la Región de Antofagasta. El endemismo a nivel genérico estaría constituido por Phrynosaura. A nivel de especies, los endemismos son distintos según el ensamble. Se examinan algunas evidencias ecogeográficas para dar cuenta de estos patrones de distribución regional. El patrón temporal de esta distribución se examina a la luz de evidencia geológica y climática disponible para el área de estudios.