La variación en color y la diversidad molecular de Aplodactylus puncratus se estudió con secuencia de ADN. El citocromo mitocondrial b y la región de secuencia de control se obtuvieron de tres poblaciones chilenas representativas de esta especie. Aunque se detectaron niveles sustanciales de diversidad molecular no se encontró relación entre los haplotipos encontrados y la distribución geográfica o coloración de la "jerguilla". Consideramos como causas potenciales de los altos niveles de diversidad de los nucleótidos mtADN en esta especie, factores tales como distribución geográfica, tamaño de la población, dispersión, contacto secundario y filopatría.