Este trabajo describe dos especies nuevas de lagartijas del género Phrynosaura para el Norte de Chile: P. manueli sp. nov. y P. torresi sp. nov. La primera está restringida en su distribución al valle de la localidad de Diego de Almagro en la Tercera Región Administrativa de Chile, Atacama; P. manueli es muy similar a P. audituvelata del valle de San Pedro de Atacama en la región de Antofagasta, diferenciándose cromosómicamente; P. torresi se diferencia de todas las demás especies del género por poseer una cola más larga que el cuerpo, un diseño de manchas puntiformes en el dorso sobre un fondo pardo claro. Se distribuye en las cercanías desérticas de Calama, en la Segunda Región Administrativa de Chile, Antofagasta. En este trabajo se publica por primera vez el cariotipo de Phrynosaura audituvelata y se compara con aquel de las otras especies del género; se discute, desde el punto de vista cromosómico, acerca de las relaciones entre estas especies.