Si bien es reconocido el rol identitario que tuvo para el Estado la creación de museos en el siglo XIX, este proceso no estuvo exento de desafíos y paradojas en cuanto al poco cuidado que la autoridad prestó a la infraestructura y desarrollo de dichos establecimientos. Conflictos por presupuesto, falta de suficiente espacio, además de múltiples problemas de mantenimiento, generaron dificultades en el quehacer del Museo Nacional en sus primeras décadas. Rodulfo Philippi frecuentemente apelaba al sentido patrio en su relación con la autoridad, estableciendo una relación instrumental que le permitiese llevar adelante el quehacer científico de la Institución. En tal sentido, la creación de imaginarios culturales nacionales responde a menudo al conjunto de intereses y la acción colectiva de individuos que sin planearlo contri­buyeron a producir nuestra identidad de estado-nación.