Eligmodontia puerulus es un roedor adaptado para la vida en ecosistemas desérticos. Su distribución de encuentra restringida al altiplano, la cual se encuentra comprendida en el sur de Perú, noreste de Chile, área centro-oriental de Bolivia y noroeste de Argentina. En Chile, su distribución conocida alcanza su límite sur al norte del Salar de Atacama. Entre Septiembre de 2006 y Marzo de 2010 se realizaron 100 capturas de individuos mediante trampas Sherman y se determinaron 37 individuos a través de piezas dentales de E. puerulus en heces de Lycalopex culpaeus, en siete localidades distintas entre el Salar de Atacama, en la Región de Antofagasta, y la Quebrada Villallobos, en la Región de Atacama. Estos registros amplían la distribución de la especie en 490 km al sur de su rango de distribución conocido, apoyando también la distribución potencial de la especie propuesta por Lanzone y Ojeda (2005), quienes postulan una distribución continua en todo el altiplano.